Single-Cell RNA-Seq: Inovasi dalam Studi Respon Imun terhadap Infeksi Tuberkulosis

By Haunan Fathih | 16 July 2024

Apa itu TB? Tuberkulosis (TB) adalah penyakit menular yang disebabkan oleh bakteri Mycobacterium tuberculosis, menyerang saluran pernapasan dalam penanganan dan pengendalian penyakit ini secara lebih efektif:  Salah satu teknologi yang membantu dalam riset TB Masa kini ialah sequencing

Bagaimana teknologi Next Generation Sequencing dapat menunjang riset TB di Indonesia: 

  • NGS dapat mengidentifikasi strain TB yang resisten terhadap obat-obatan tertentu, memungkinkan untuk pengendalian wabah dan memahami pola epidemiologi.

  • NGS memungkinkan peneliti untuk mempelajari bagaimana bakteri TB berinteraksi dengan sistem kekebalan tubuh manusia, serta mekanisme patogenisitasnya.

  • NGS membantu mengidentifikasi gen-gen yang berperan dalam virulensi bakteri, yang penting untuk pengembangan vaksin dan terapi baru.

  • Memantau mutasi yang terjadi pada bakteri TB membantu dalam memahami evolusi resistensi obat dan menyesuaikan strategi pengobatan.

  • NGS membantu mengidentifikasi target-target molekuler baru untuk pengembangan obat dan terapi yang lebih efektif.

  • Informasi genomik dapat digunakan untuk mengembangkan vaksin yang lebih baik dengan menargetkan komponen spesifik dari bakteri TB.

  • Pengobatan dapat disesuaikan secara tepat untuk meningkatkan efektivitas dan mengurangi perkembangan resistensi lebih lanjut.

  • Pengobatan yang Tepat: Mencegah penggunaan antibiotik yang tidak efektif dan menghindari efek samping yang tidak perlu bagi pasien.

Revolusioner Teknologi NGS : Single Cell Sequencing merupakan teknologi sequencing lanjutan yang memungkinkan peneliti untuk menganalisis genetik dan fungsi sel individu. Ini membuka pintu bagi pemahaman yang lebih mendalam tentang TB dan cara penanganannya.

Manfaat Single Cell Sequencing untuk TB:

  • Diagnosis Lebih Cepat dan Akurat: Deteksi dini bakteri TB dengan tingkat ketelitian tinggi.

  • Pemahaman Mendalam: Analisis rinci tentang bagaimana bakteri TB berinteraksi dengan sistem kekebalan tubuh kita.

  • Pengembangan Obat Baru: Identifikasi target baru untuk obat, membantu melawan TB yang resisten terhadap obat.

Masa Depan Bebas TB: Dengan teknologi Single Cell Sequencing, kita bisa melangkah lebih dekat menuju Indonesia bebas TB 2030. Penelitian yang didukung teknologi ini memberikan harapan baru bagi jutaan orang yang terinfeksi TB setiap tahunnya.

Penerapan analisis single cell sekuensing pada TB

Aplikasi Single Cell Sequencing pada Mycobacterium Tuberculosis : 

  1. Karakterisasi status imun dan paru

  2. Arsitektur sel granuloma dan distribusi molekuler spasial

  3. Lingkungan mikro imun dari TB extrapulmonary

  4. Diferensiasi tahapan infeksi TB 

  5. Interaksi host patogen dan respon imun

  6. Pengobatan tertarget dan vaksin

  ACTION PLAN

 Produk Biogenome Total Solusi yang dapat menunjang Riset TB di Indonesia : Single Cell RNA Seq      10x Genomics (Chromium X/ix, Visium HD, dan Xenium )

  • Dukung penelitian dan inovasi dalam penanganan TB.

  • Edukasi diri dan orang di sekitar tentang pentingnya deteksi dini dan pengobatan TB yang    tepat.

  • Bersama kita bisa mengakhiri TB dengan bantuan platform 10x Genomics 

Prinsip teknologi Single Cell Seq RNA :   

  1.  Penangkapan dan pelabelan seluler dengan throughput tinggi 

  2. Amplifikasi transkriptome untuk mendapatkan informasi transkripsional.

  3. Analisis data komprehensif  dengan jumlah  sel sedikit, hal ini memungkinkan dilakukannya klasifikasi sel, karakterisasi kualitatif, dan diskriminasi pada resolusi sel tunggal, sehingga mengidentifikasi populasi sel yang langka.

Langkah-langkah Single Cell Seq RNA mencakup :  

  1. Pemrosesan sampel 

  2. penangkapan sel tunggal 

  3. Kontrol kualitas, pemilihan fitur, anotasi kluster, siklus sel, analisis waktu semu, ekspresi diferensial, dan interaksi sel.